Muzeum składa się z siedmiu sal ekspozycyjnych, w których oglądać można około 150 eksponatów. Najstarsze mają nawet 130 lat. Integralną częścią ekspozycji jest sala odsłuchowa, w której zgromadzonych jest około 2000 płyt winylowych.

Muzeum Fonografii jest częścią Małopolskiego Centrum Dźwięku i Słowa w Niepołomicach.