Wybudowany z rozkazu króla Kazimierza Wielkiego zamek, z którego wyruszały wyprawy myśliwskie do pobliskiej Puszczy Niepołomickiej, miał pełnić również funkcje obronne. Dzieło kazimierzowskie kontynuowali kolejni królowie. Zygmunt I Stary gruntownie zamek przebudował, nadając mu formę czworoboku z dziedzińcem wewnętrznym. W 1550 roku wielki pożar zniszczył skrzydło wschodnie i północne.

Od końca XVI wieku zamek przechodził w ręce rodów szlacheckich. W tym czasie zmieniany był jedynie wystrój wnętrz.Najazd Szwedów w 1655 roku przyniósł kres świetności tej królewskiej budowli. 

Po rozbiorze Polski w 1772 roku zamek wraz z miastem  przeszedł pod panowanie Austrii, a po II wojnie światowej popadał w ruinę. Królewska siedziba odzyskała dawną świetność po kompleksowej renowacji przeprowadzonej przez Gminę Niepołomice.

Obecnie zamek otwarty jest dla gości i turystów. Poza muzeum mieści się w nim hotel i centrum konferencyjne.