Do olbrzymiej zmiany w wyglądzie świątyni doszło w latach 1886-1887. Wówczas powiększono korpus kościoła i dobudowano charakterystyczne wieże. Po zakończonym remoncie w 1887 roku biskup krakowski Albin Dunajewski ponownie konsekrował parafialną świątynię już pod nieco zmienionym wezwaniem Narodzenia Najświętszej Maryi Panny. Nawa oraz prezbiterium wzniesione są w konstrukcji zrębowej, wieże zaś słupowej. To one są głównym elementem świadczącym o wyjątkowości architektonicznej kościoła. Dwie bliźniacze wieże są bowiem rzadkością wśród drewnianych obiektów sakralnych historycznej Małopolski. Szczególnie malowniczo prezentują się górne, nadwieszone kondygnacje, tzw. izbice, wykonane w formie malowniczych podcieni z arkadami wspartymi na filarach. Otoczone są one ażurowymi balustradami.

OŁTARZ GŁÓWNY (połowa XVIII wieku)
W części środkowej barokowego ołtarza, w złoconej ramie znajduje się wykonany na desce obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem. Dzieło powstało w 1520 roku, a postać Maryi była wzorowana na wyobrażeniu Matki Boskiej Piekarskiej. Postaci ozdobione są złotymi sukienkami. Na zasuwie znajduje się obraz św. Floriana pochodzący z 2. połowy XVIII wieku. Święty przedstawiony jest na tle płonących zabudowań i jako patron strażaków miał czuwać nad bezpieczeństwem mieszkańców Krzęcina. Po bokach ołtarza umieszczono rzeźby patronów Polski – św. Wojciecha i św. Stanisława. Z kolei w zwieńczeniu możemy podziwiać wizerunek Matki Boskiej z Dzieciątkiem adorowany w obłokach przez św. Antoniego Padewskiego.

OŁTARZE BOCZNE (2. połowa XIX wieku)
W lewym ołtarzu znajduje się obraz Najświętszego Serca Jezusa. W ołtarzu umieszczono relikwie św. Jana Pawła II podarowane parafii przez kardynała Stanisława Dziwisza. Nad kompozycją góruje postać św. Józefa z Dzieciątkiem. Z kolei w prawym ołtarzu umieszczono obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem, która wręcza różaniec św. Dominikowi. Powyżej, w zwieńczeniu wizerunek św. Andrzeja Boboli. Na ołtarzu umieszczono relikwie św. Floriana.

POZOSTAŁE INTERESUJĄCE ELEMENTY

• Barokowa chrzcielnica z 1. połowy XVIII wieku. Trzon i podstawę wykonano z kamienia, natomiast czarę z marmuru. Drewniana pokrywa jest już znacznie młodsza od pozostałych elementów. W zwieńczeniu scena Chrztu Jezusa w Jordanie.
• Ołtarze w nawach bocznych z XX wieku. W części środkowej prawego z nich znajduje się obraz Pana Jezusa Miłosiernego, w zwieńczeniu obraz św. Teresy od Dzieciątka Jezus. W lewym ołtarzu podziwiać możemy obrazy św. Józefa z małym Jezusem oraz św. Stanisława Kostka (w zwieńczeniu).
• Ambona z 2. połowy XVIII wieku. Umieszczono w niej obraz Chrystusa Dobrego Pasterza. Baldachim wieńczy promienista gloria z Okiem Opatrzności.
• Pozostałości po przykościelnym cmentarzu – warto zwrócić uwagę chociażby na nagrobek rodu Günther, grób Franciszka Foltańskiego z 1847 roku oraz na miejsce pochówku siedmioletniego Filippa Pellegriniego z 1883 roku.
• Wyjątkowa polichromia wykonana w 1952 roku z motywami roślinnymi, ornamentalnymi oraz przedstawieniami figuralnymi. Na suficie prezbiterium widnieje rozbudowana scena przedstawiająca Ukrzyżowanie Jezusa z Bogiem Ojcem, Duchem Świętym, aniołami oraz personifikacjami Kościoła i Synagogi. Największa polichromia rozpościera się jednak nad nawą. Ukazuję ona Matkę Boską wręczająca różańce św. Dominikowi i św. Katarzynie Sieneńskiej. Scenę otaczają przedstawienia tajemnic różańca św.
• Witraże z lat 1952-1953 ufundowane przez miejscowości parafii Krzęcin. Przedstawieni są na nich m.in. św. Wojciech, św. Michał Archanioł, św. Andrzej Bobola czy św. Józef.
• Chrystus Ukrzyżowany na belce tęczowej z XIX wieku,
• Organy z 2 połowy XIX wieku

Kościół można zwiedzać od poniedziałku do soboty w godzinach od 6.30 do 18.30.  Świątynia jest również otwarta dla odwiedzających przed i po każdej niedzielnej mszy świętej. Aktualne godziny sprawowania liturgii dostępne na stronie internetowej parafii.