Zarząd Stowarzyszenia Metropolia Krakowska przede wszystkim ma za zadanie czuwać nad sprawną realizacją Strategii Metropolia Krakowska 2030 oraz Strategii Zintegrowanych Inwestycji Terytorialnych, reprezentuje Stowarzyszenie i utrzymuje relacje z partnerami zewnętrznymi oraz uczestniczy w międzynarodowych sieciach współpracy. Kluczową rolą Komisji rewizyjnej jest kontrola budżetu SMK i realizacji zadań statutowych.

Komisja ds. Środowiska, Przestrzeni i Mobilności zajmie się zrównoważonym transportem, w tym Biletem Metropolitalnym i integracją systemów transportowych, planowaniem przestrzennym, tematami związanymi z ochroną jakości powietrza, klimatu oraz gospodarki komunalnej. Do zadań Komisji ds. Gospodarki, Edukacji, Spraw Społecznych i Kultury przypadną natomiast zagadnienia związane z promocją gospodarczą, realizacja partnerstw i projektów ze środków zewnętrznych w obszarach edukacji, usług społecznych i kultury.